Часть некоммерческих организаций регистрируется ит.п. через минюст, а не через МИФНС. Опять же если Вашу организационно-правовою форму затронули (скорее всего так оно и есть) изменения в гражданский кодекс, то Вам надо приводить устав в соответствие с ГК, а не просто менять то, что Вы хотите. По-сути, утверждать устав в новой редакции или вносить масштабные изменения (с учетом новых требований к унитарным или корпоративным юридическим лицам). Заполняете форму 13001, однако и там нюансы могут возникнуть. Помимо стандартных четырех листов возможно нужно заполнить отдельные листы с информацией, которая д.б. отражена в ЕГРЮЛ, иначе рег. орган просто может эту информацию не внести.