Налоговой до лампочки на то, соблюдает ли свой устав ООО. Если ООО годовое собрание не провело во время или решение участников не заверило нотариально, но налоги платит и устав формально без косяков, то толку немного от такого обращения. На фоне измененного ГК налоговики и вовсе тормозят сильно, их самих не редко консультировать надо.
В АПК есть глава по корпоративным спорам. Изучайте. Плюс смотрите ГК об ответственности директора. Там новации исходя из практики судов по привлечению к ответственности руководящего состава.
Юстиция тут ни каким боком.